Abogado Costarricense.
Se graduó del Liceo de Costa Rica en 1886 con el título de Abogado. En 1898, efectuó un viaje a Gran Bretaña, donde se interesó por las ciencias económicas, en las que llegó a ser un verdadero experto. Se graduó de abogado en la escuela de Derecho y se incorporó al Colegio de Abogados en setiembre de 1902. Flores participó en los movimientos opositores al presidente Rafael Iglesias Castro en 1897 y participó en la campaña política de 1905 apoyando la candidatura de Don Máximo Fernández Alvarado. De 1910 a 1914, fue diputado del Partido Republicano por la Provincia de Heredia. Flores asumió la presidencia con apenas 37 años de edad, llegó al poder sin buscarlo. Elegido por el Congreso como Primer designado a la Presidencia para el periodo 1914-1918, fue llamado a ejercer el poder durante todo el periodo por haber renunciado los dos candidatos que habían obtenido mayor cantidad de votos en las elecciones presidenciales en diciembre de 1913, don Máximo Fernández Alvarado y don Carlos Duran Cartín. Al nuevo presidente lo sorprendió el inicio de la Segunda Guerra Mundial, la caída de las exportaciones de café a Europa y la consecuente disminución de ingresos para el Gobierno. Al verse en una situación apremiante planteó una reforma tributaria que, entre otras medidas, creó el impuesto sobre las rentas. La obra del Presidente Alfredo González Flores dejó una huella profunda: Fundó la Escuela Normal de Heredia. Abrió el primer banco estatal (Banco Internacional de Costa Rica, hoy Banco Nacional), inició las Juntas de Crédito Agrícola, que lograron el resurgimiento de la vida económica, comercial e industrial, ordenó la construcción de un hospital para los enfermos de Tuberculosis (Sanatorio Durán), con los mayores avances de la época. El 27 de enero de 1917, su ministro de Guerra y Marina, Federico Tinoco Granados, le dio un golpe de Estado y lo obligó a exiliarse a los Estados Unidos en 1920, en este mismo año publicó la obra “El petróleo y la política de Costa Rica”.
Presidente de la República de 1914 a 1917.
Declarado Benemérito de la Patria el 23 de julio de 1954.